èmwé Wijnaendts Van Resandt

Een aantal factoren bedreigen op de lange termijn het voortbestaan van koraalriffen. Dit zijn factoren als vervuiling, het broeikaseffect, temperatuurstijging van het zeewater, verzuring van de zee en het el Niño verschijnsel. Ook de in sommige Aziatische landen (vooral: Indonesië en de Filipijnen) toegepaste vismethoden als het vissen met dynamiet, zelfgemaakte explosieven en cyanide vormen een groot gevaar. Opwarming en verzuren van zeewater blijkt te leiden tot verbleking van koraal (bleaching) en vaak ook tot dood van koraal, door het afsterven van Zoöxanthellen. Volgens sommige schattingen zullen, als de huidige trend zich voortzet, binnen 50 jaar 70% van de koraalriffen verdwenen zijn. Zo heeft een recent grootschalig recent onderzoek naar het Groot Barrièrerif in Australië aangetoond dat de snelheid waarmee koraal kalk uit het zeewater opneemt, de laatste 20 jaar sterk is afgenomen. Dit leidt tot een vertraagde groei van steenkoralen in dit gebied. Volgens onderzoekers is dit mogelijk een gevolg van de toename van kooldioxide (CO2) in de atmosfeer waardoor oceanen geleidelijk verzuren, of van de opwarming van het zeewater. In September 2007 worden ook koraalriffen voor het eerste genoemd op de IUCN Rode Lijst.